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 SYBR Green II 染料是高靈敏度的RNA染料，用于電泳分析RNA。只要100pg RNA或者單鏈DNA都可以用SYBR Green II RNA染料電泳分析，或者用254nm紫外光分析瓊脂糖或者聚丙烯酰胺膠，即使用300nm也可以檢測到500pg的DNA. SYBR Green II RNA染料靈敏度高于EB染色法，大部分都是使用這種方法來分析膠中的核酸。通過用300nm橙色濾光，EB的靈敏度只限于檢測1.5ng單鏈核苷酸的小型膠。

     在變性瓊脂糖/甲醛膠盒聚丙烯酰胺/尿素膠，SYBR Green II RNA染料的靈敏度會稍微降低，但仍高于EB方法。用EB方法獲得高靈敏度，需要耗費幾個小時染色，相比之下，SYBR Green II RNA染料無須長時間染色步驟就可以用254nm檢測到1ngRNA，并且300nm即可以檢測到4ngRNA。

     SYBR Green II RNA染料檢測RNA的顯著靈敏度可歸于多種因素，包括較高的熒光范圍，結合的親合力和熒光強度。即使對RNA不是具有選擇性的，當結合RNA時，這種染料比結合雙鏈DNA顯示出更高的熒光范圍，這一特征在核酸染料種是比較不尋常的，SYBR Green II RNA染料大激發(fā)波長在497nm處，次激發(fā)波長在245nm附近。發(fā)射波長在520nm處產生?？墒褂枚喾N成像設備觀測。